Este tipo de café se caracteriza por la nula aplicación de productos agroquímicos en las etapas de siembra, crecimiento y maduración de las plantas y los frutos. En su producción se usan técnicas de conservación del suelo, métodos naturales de fertilización y control biológico de plagas y enfermedades. Este tipo de cultivo se realiza bajo sombra y en ciertas condiciones de altura y de manejo del cafetal.
Desde 1967
México fue pionero en la cafeticultura orgánica. La primera experiencia de cultivo de café orgánico tuvo lugar en 1967, en la finca Irlanda, en Chiapas. Esa experiencia motivó que años después, en la década de 1980, las cooperativas de pequeños productores desarrollaran a fondo la iniciativa de café orgánico. La primera organización que cultivó café orgánico fue la Unión de Comunidades Indígenas de la Región del Istmo (UCIRI), después de una visita que sus integrantes hicieran a la finca mencionada. A partir de allí surgieron nuevas y numerosas experiencias en muchas otras cooperativas.
El cultivo de café orgánico se ha perfilado como una estrategia viable para los pequeños productores de México, que les ha permitido enfrentar las consecuencias de una dura crisis que aconteció en el sector café luego de la desregulación del precio internacional en 1989.
La formación de un mercado de consumidores de productos orgánicos, primero en la Unión Europea y Gran Bretaña, luego en Estados Unidos, Asia y ya también en México, ha permitido que el café orgánico sea una opción para las organizaciones que han logrado abarcar todo el proceso productivo-cultivo, industrialización y comercialización.