Las zonas cafetaleras, además de ser exuberantemente bellas, nos brindan un servicio ecológico si las matas se cultivan bajo sombra. El denominado sistema de café de sombra es aquél en el que se cultiva el café junto con otro tipo de vegetación, intercalado, compartiendo el mismo terreno. Algunos de los árboles y de las plantas que conviven con el café también dan otros productos, como por ejemplo, naranja, plátano, limón, aguacate.
La presencia de los árboles en las áreas donde se cultiva el café contribuye al buen crecimiento de las matas y a la conservación de los suelos pues los protege del paso directo de los rayos del sol y del golpeteo del agua de la lluvia. La humedad que guardan las matas y los suelos permite el desarrollo más lento de los granos y, con ello, el desarrollo cabal de sus cualidades.
Porque las matas de café se desarrollan y conviven en armonía con otras plantas y árboles, este sistema de cultivo -al ser su refugio y su alimento- favorece la existencia de diversas especies de flora y fauna; en especial, favorece la sobrevivencia de muy diversas especies de aves. Las zonas de cafetales de sombra retienen bióxido de carbono y lo descomponen en carbono y oxígeno, favoreciendo la calidad del aire (CO2=C+O2).
Además, el cultivo de café de sombra propicia la ejecución de prácticas agrícolas que favorecen el incremento de materia orgánica en los suelos y que reducen la contaminación del agua, permitiendo así una relación más amigable entre producción agrícola y medio ambiente; el cultivo de café orgánico es una muestra.
Por tradición, la mayor parte que se produce en México es café de sombra, aunque también se produce café de sol, que es el que se cultiva solo, sin vegetación, madurando rápido el fruto, sin alcanzar a desarrollar sus cualidades y erosionando los suelos.