El café orgánico conlleva una filosofía que se acerca mucho a la que orientó a la agricultura tradicional mesoamericana hace cientos de años, y de la cual se conservaron algunas prácticas en las comunidades indígenas, transmitiéndose de generación en generación, de padres a hijos y que perduran hasta nuestros días en algunas regiones. Estas prácticas tradicionales implican una relación estrecha y amigable entre el productor y su entorno medioambiental, guiado por la idea de que ambos forman parte del mismo universo; implican también una relación estrecha y amigable entre productores, regida por la idea de que el trabajo colectivo beneficia y es inherente a la comunidad.
Además de la Unión de Comunidades Indígenas de la Región del Istmo (UCIRI), otras organizaciones han incursionado en la producción y comercialización de café orgánico, y lo exportan a la Unión Europea, Gran Bretaña, Estados Unidos y los países asiáticos. Así lo han hecho, grupos de productores de Oaxaca, de Chiapas, de Guerrero y de Veracruz.
Además, han surgido otras iniciativas que sin ofrecer café propiamente orgánico, producen y promueven un café con cuidados ambientales, al que se llama ecológico o sustentable.